通常情况下，宝宝只要能正常进食，就会获取比较充分的营养，慢慢长大，但也有不少早产宝宝或是先天病儿等会有喂养不耐受的问题。进食后不仅不长身体，甚至可能体重减轻。新生儿喂养不耐受原因，主要是这个。
肠道菌群未建立。人的身体并非是一个完全清洁的环境，会有很多种类的细菌与之共生。肠道中也有不少细菌，这些细菌可以帮助消化或是促进肠道蠕动等。若是宝宝出生后体内自己的菌群未能建立好，就会出现消化能力差的问题，导致无法摄入营养，以至于喂养不耐受。
新生儿喂养不耐受，还可能与宝宝出生后因某些原因进行了抗菌治疗或静脉输液有关，特别是早产宝宝。新生宝宝体弱，出生后没有及时地吮吸和进食母乳，导致吮吸力比较差且对营养的吸收也不好，就会出现此问题。
对此，应及时地建立宝宝自己的肠道菌群，可去找医生制定好的治疗办法，可口服一些能获取双歧杆菌和乳酸杆菌的制剂。同时，应尽量以母乳来喂养宝宝，奶粉等吸收要求较高，可能更易导致宝宝难以获取营养。